L'AUA sostituisce i seguenti titoli abilitativi:

• autorizzazione agli scarichi (Capo II, Titolo IV, Sezione II, Parte terza del Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152), e in particolare:
  • autorizzazione agli scarichi in acque superficiali o sul suolo di acque reflue industriali, acque reflue assimilate alle domestiche, acque di prima pioggia, acque di lavaggio di aree esterne, acque reflue di dilavamento, acque reflue urbane provenienti da agglomerati
  • autorizzazione agli scarichi in pubblica fognatura di acque reflue industriali, acque reflue assimilate alle domestiche, acque di prima pioggia, acque di lavaggio di aree esterne, acque reflue di dilavamento
  • autorizzazione agli scarichi in acque superficiali e sul suolo di acque reflue domestiche
  • autorizzazione agli scarichi in acque superficiali e sul suolo di acque di prima pioggia unite ad acque reflue domestiche
  • autorizzazione agli scarichi in acque superficiali e sul suolo di acque reflue di dilavamento unite ad acque reflue domestiche
• autorizzazione all'utilizzo dei fanghi derivanti dal processo di depurazione in agricoltura (Decreto legislativo 27/01/1992, n. 99, art. 9) 
• autorizzazione ordinaria alle emissioni in atmosfera (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 269) 
• autorizzazione generale (in deroga) alle emissioni in atmosfera (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 272)
• comunicazione o nulla osta previsti in materia di inquinamento acustico (Legge 26/10/1995, n. 447, art. 8, com. 4 e com. 6) 
• comunicazioni in materia di rifiuti per l'esercizio in procedura semplificata di operazioni di autosmaltimento di rifiuti non pericolosi (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 215) e di recupero di rifiuti, pericolosi e non pericolosi (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 216)
• comunicazione preventiva per l'utilizzazione agronomica degli effluenti di  allevamento, delle acque di  vegetazione dei frantoi oleari e delle acque reflue provenienti dalle aziende ivi previste (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 112).

L'AUA deve essere richiesta dal gestore, cioè la persona fisica o giuridica che ha potere decisionale circa l'installazione o l'esercizio dello stabilimento e che è responsabile dell'applicazione dei limiti e delle prescrizioni disciplinate dal Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, degli impianti soggetti a uno dei titoli abilitativi sopra elencati e installati presso:

• piccole-medie imprese (PMI), così come definite dal Decreto ministeriale 18/04/2005, art. 2
• grandi imprese (così come chiarito dalla Circolare Ministeriale 07/11/2013, n. 49801)

L'AUA non si applica:

• le comunicazioni preventive per l'utilizzazione agronomica degli effluenti di allevamento, delle acque di vegetazione dei frantoi oleari e delle acque reflue (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 112): la Circolare regionale 05/08/2013, n. 19 chiarisce che per questa comunicazione, in Regione Lombardia, continueranno ad esistere le procedure e le tempistiche attualmente vigenti e conseguenti alle disposizioni comunitarie (Direttiva comunitaria 12/12/1991, n. 91/676/CEE). Pertanto la presentazione delle istanze dovrà avvenire tramite il portale SIARL
• agli impianti soggetti ad Autorizzazione Integrata Ambientale (AIA) 
• ai progetti sottoposti a Valutazione di Impatto Ambientale (VIA) (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 26)
• alle procedure ordinarie per i rifiuti (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 208)
• agli impianti per fonti energetiche rinnovabili (FER) (Decreto legislativo 29/12/2003, n. 387) 
• alle attività soggette alla direttiva "nitrati" (Direttiva comunitaria 12/12/1991, n. 91/676/CEE) 
• agli impianti asservititi ad attività di bonifica e messa in sicurezza di emergenza (MISE) 
• agli impianti di depurazione acque reflue urbane, inclusi gli impianti tecnicamente connessi (ad esempio gli sfioratori)

Richiesta di rilascio di un titolo abilitativo

Se l'attività svolta riguarda uno o più dei titoli abilitativi sopra elencati allora è obbligatorio richiedere l'AUA. L'AUA è facoltativa solo se l'attività svolta è soggetta unicamente a comunicazione e/o ad autorizzazione generale (in deroga) alle emissioni in atmosfera. In questo caso è possibile presentare apposita documentazione (Decreto del Presidente della Repubblica 13/03/2013, n. 59, art 3, com. 3).

Richiesta di rinnovo o modifica sostanziale di un titolo abilitativo

La Circolare regionale 05/08/2013, n. 19 e la Circolare ministeriale 07/11/2013, n. 49801 chiariscono che nei casi di rinnovo e di modifica sostanziale (variazione considerata sostanziale ai sensi delle normative di settore perché può produrre effetti negativi e significativi sull'ambiente): 

• se l'attività svolta è soggetta a comunicazioni e al possesso di titoli abilitativi di carattere autorizzatorio, alla scadenza o alla modifica sostanziale della prima comunicazione o del primo titolo abilitativo di carattere autorizzatorio è obbligatorio richiedere l'AUA.
• se l'attività svolta è soggetta ad autorizzazione generale (in deroga) alle emissioni in atmosfera e al possesso di titoli abilitativi di carattere autorizzatorio, è sempre facoltà del gestore presentare autonoma istanza di adesione all'autorizzazione generale (in deroga) alle emissioni in atmosfera. Per gli altri titoli abilitativi è obbligatorio richiedere l'AUA.
• se l'attività svolta è soggetta unicamente a comunicazioni, alla scadenza o alla modifica sostanziale della prima comunicazione è facoltativo richiedere l'AUA. In questo caso è possibile presentare apposita documentazione (Decreto del Presidente della Repubblica 13/03/2013, n. 59, art. 3, com. 3).
• se l'attività svolta è soggetta unicamente ad autorizzazione generale (in deroga) alle emissioni in atmosfera, alla scadenza o alla modifica sostanziale del titolo è facoltativo richiedere l'AUA. In questo cao è possibile richiedere apposita documentazione (Decreto del Presidente della Repubblica 13/03/2013, n. 59, art. 3, com. 3).

Quando è obbligatorio richiedere l'AUA, per semplificare il procedimento amministrativo la domanda deve riportare gli estremi di tutti i titoli ancora validi di cui il gestore è in possesso (siano essi comunicazioni, autorizzazione generale alle emissioni in atmosfera, titoli abilitativi di carattere autorizzatorio). Se le condizioni d’esercizio e le informazioni contenute in questi titoli non sono mutate, l'autorità competente farà riferimento alla documentazione già in proprio possesso. In questo caso, quindi, il gestore non deve presentare nuovamente tutta la documentazione, anzi basta autocertificare che le condizioni e i presupposti alla base di questi titoli non sono variati.

La Circolare regionale 05/08/2013, n. 19 chiarisce che le nuove disposizioni non si applicano ai procedimenti di voltura (cambio di denominazione del soggetto titolare del titolo abilitativo) e di modifica non sostanziale (variazione al progetto, già autorizzato, realizzato o in fase di realizzazione o dell'impianto, che può produrre effetti sull'ambiente). Pertanto questo tipo di istanze devono essere gestite secondo la disciplina prevista dalla normativa settoriale, quindi direttamente dalle Autorità Competenti (Decreto del Presidente della Repubblica 13/03/2013, n. 59, art. 6, com. 1).

L'AUA deve essere richiesta esclusivamente in modalità telematica al SUAP, che provvede a trasmetterla all'autorità competente e ai soggetti competenti.

L'AUA ha durata di 15 anni dalla data di rilascio e il suo rinnovo deve essere richiesto entro sei mesi dalla data di scadenza.